Правительство независимого Туркменистана объявило страну светским государством. При коммунистическом режиме делами мусульманской религии ведало Среднеазиатское духовное управление мусульман, с центром в Ташкенте, а непосредственный контроль за религиозной жизнью мусульман осуществлял кази, назначавшийся этим управлением в каждую республику.

В Туркменистане резиденция кази находится в Чарджеве. После распада СССР Среднеазиатское духовное управление было преобразовано в Исламский религиозный совет Центральной Азии, а каждый кази получил практически полную свободу действий. В 1992 казиату Туркменистана было дано право решать все дела, касающиеся религиозных законов ислама, при условии, что он будет «поддерживать рабочие отношения с министерством юстиции».

Туркменистан не имеет официальных связей с религиозными группами в соседних мусульманских государствах – Иране и Афганистане.